Paralelamente a los órganos de gobierno, existen unos órganos de representación cuya finalidad es actuar de intermediarios entre el movimiento asociativo y todas las partes implicadas (administraciones, sociedad, medios de comunicación…). Estos dos órganos de representación son el presidente, como representante máximo de la federación, y los delegados territoriales, cuya misión es representar a la federación en cada una de las provincias.

Como organización democrática cuenta con tres órganos de participación con el fin de representar y servir de forma incondicional a su misión, por lo que es fundamental la actuación de:
Las Juntas de participación provincial
Las Unidades de Desarrollo Sectorial

Y finalmente, cierra la estructura organizativa el Defensor del Discapacitado cuya misión es velar por lo derechos de las personas con discapacidad intelectual y sus familias.